C’est un animal nocturne et omnivore, qui marque une préférence pour les graines, éventuellement les fruits. Il est très méfiant, davantage que le rat brun, et peut mettre longtemps avant de consommer une nourriture nouvelle. Si un individu se porte mal après consommation d’une nouvelle nourriture, le mâle dominant peut uriner sur celle-ci afin qu’aucun autre congénère ne la consomme (code pour le groupe).

Les nids de rats noirs sont généralement localisés en hauteur, dans les parties sèches et recoins sombres bien tranquilles des bâtiments. D’où son surnom de rat des greniers (ses ancêtres nichaient apparemment dans le haut des arbres), contrairement aux rats bruns (surmulots) qui se cachent en parties basses des bâtiments ou dans des galeries au sol. Dans de bonnes conditions il peut se reproduire tout au long de l’année, les rates ayant 3 à 6 portées par année comptant jusqu’à 10 ratons chacune. Les femelles peuvent réguler leur fécondité et ne produire qu’une portée par an quand la nourriture se fait rare. Rattus vit en moyenne 2 à 3 ans, dans des groupes sociaux qui peuvent atteindre jusqu’à 60 individus.